Rapid Whole-Genome Sequencing do badania noworodkowego wybuchu MRSA AD 3

Nowi przyjęci zostali poddani badaniu przesiewowemu, a wszyscy pacjenci byli badani co tydzień. W pierwszym badaniu epidemii wykryto cztery kolejne dzieci skolonizowane przez MRSA. Izolaty od trzech niemowląt (pacjenci 5, 6 i 8) miały ten sam antybiogram co izolat z przypadku wskaźnika, podczas gdy izolat od czwartego niemowlęcia (pacjent 13) miał inny antybiogram (wykazujący oporność tylko na cefoksytynę, erytromycynę i cyprofloksacyna) i nie uznano jej za część epidemii. W ciągu 13 dni po indeksowym przypadku bakteriemii siedem innych niemowląt (pacjenci 3, 4, 7 i 9 do 12) nabyło MRSA z tym samym antybiogramem, co izolat z ogniska. Niemowlęta pozytywne z powodu transportu MRSA umieszczono w tej samej zatoczce, co inne skolonizowane MRSA niemowlęta i przeszły program dekolonizacji. Trzech członków personelu uzyskało pozytywny wynik testu MRSA, który miał inny antybiogram niż izolat i otrzymał leczenie dekolonizacyjne od Departamentu Zdrowia Zawodowego zgodnie z polityką szpitala. Zarówno NICU, jak i SCBU były zamknięte przez 9 dni (z wyjątkiem sytuacji kryzysowych w szpitalach Uniwersytetu Cambridge NHS Foundation Trust), odmawiając przyjęcia 24 dzieci, które musiały zostać przyjęte przez inne szpitale w regionalnej sieci noworodków.
Badanie genomiczne
Przeprowadziliśmy sekwencjonowanie izolatu bakteriemii MRSA od Pacjenta (izolat 1B), a także izolatów od sześciu pacjentów z wagonem MRSA (izolaty 6C, 7C, 8C, 10C, 11C i 12C), które uważano za część ogniska NICU. Przeprowadziliśmy również sekwencjonowanie izolatów MRSA u siedmiu pacjentów, których nie uznano za związanych z ogniskiem: Pacjenci 14 i 15 z transportem MRSA (izolaty 14C i 15C) od niemowląt z NICU przed przyjęciem pacjenta z indeksem oraz 5 izolatów związanych z bakteriemią MRSA w Pacjenci od 16 do 20 (izolatów 16B do 20B) na innych oddziałach podczas wybuchu NICU (ryc. 1).
Rysunek 2. Rysunek 2. Antybiogramy fenotypowe, Resistome i Toxome. Panel A pokazuje antybiogram lub schemat wrażliwości przeciwdrobnoustrojowej dla każdego z 14 izolatów zsekwencjonowanych, a panel B pokazuje rezystor i toksyk. Próbki identyfikuje się z numerem pacjenta, po którym następuje B dla bakteriemii lub C dla przewozu MRSA, wraz z typem sekwencji (ST). Dla każdego leku przeciwdrobnoustrojowego oporność oznaczono za pomocą R; jego brak wskazuje na podatność. Pokazano również typy mec chromosomu kasety gronkowcowej (SCC). W panelu B na górze znajdują się geny odpowiedzialne za oporność na lek (resistom) i geny toksyn (toksyk). Rozpatrywane geny toksyn były ograniczone do genów testowanych w Wielkiej Brytanii (enterotoksyny gronkowcowe [morze i sej], toksyny złuszczające [eta i etd], toksyna zespołu wstrząsu toksycznego [tst] i leukocydyna Panton-Valentine [PVL] [ lukS-PV i lukF-PV]). Pokazane są tylko te geny obecne w co najmniej izolacie. Poniżej znajduje się mapa cieplna pokazująca obecność (czerwony) lub brak (niebieski) odpowiednich genów dla każdej próbki (sekwencje stosowane w rezystorze i toksomie są wymienione w Tabeli S2 w Dodatku Uzupełniającym). Oporność na środki przeciwdrobnoustrojowe w MRSA może powstać w wyniku nabycia genów lub mutacji chromosomowych. Pozyskiwanie genów odpowiadało oporności na 10 leków przeciwdrobnoustrojowych w 14 badanych izolatach. Zgodnie z wcześniejszym badaniem w naszym szpitalu MRSA związanym ze społecznością związaną z sekwencją 15 oba izolaty transmisyjne 16B i 17B były negatywne pod względem PVL i były przenoszone drogą morską i seh. Nie pokazano, że wykryto mutacje chromosomalne odpowiedzialne za oporność na ryfampinę (RIF) lub cyprofloksacynę (CIP): mutacje w rpoB (Leu466Ser i His481Asn) uwzględniały oporność na RIF w izolacie 14C16 i dwie mutacje (mutacja Ser80Phe w grAA i Ser84Leu w gyrA) odpowiadały za oporność na CIP we wszystkich izolatach ST 22 i ST 36, 17 i nie wykryto mutacji odpowiedzialnych za oporność na linezolid (LIN). CLIN oznacza klindamycynę, cefoksytynę CXT, erytromycynę ERY, kwas fusydowy FUS, gentamycynę GEN, kanamycynę KAN, mupirocynę MUP, tetracyklinę TET, trimetoprim TMP i tobramycynę TOB.
Początkowo przesłuchiwaliśmy dane dotyczące sekwencji całego genomu, aby zdefiniować typ sekwencji 14 izolatów MRSA (rysunek 2A). Wszystkie siedem izolatów związanych z ogniskiem NICU było typu sekwencji 22. Dwa izolaty kału MRSA hodowane od niemowląt w NICU przed wybuchem (izolaty 14C i 15C) były odpowiednio typami sekwencji 5 i 22. Spośród pięciu bakteriomatycznych izolatów MRSA z innych oddziałów, dwie (izolaty 19B i 20B) były sekwencją typu 22, dwie (izolaty 16B i 17B) były sekwencją typu 1, a jedna (izolat 18B) była sekwencją typu 36.
Rysunek 3. Rysunek 3. Wyniki analizy filogenetycznej 10 izolatów sekwencji MRSA typu 22
[przypisy: leczenie pod mikroskopem, leczenie dzieci, leczenie łysienia ]
[podobne: dermatologia estetyczna łódź, sanatorium miejsce w kolejce, soczewki kontaktowe poznań ]