Rapid Whole-Genome Sequencing do badania noworodkowego wybuchu MRSA AD 2

Testy wrażliwości na antybiotyki przeprowadzono przy użyciu metody dyfuzyjnej 13 dla następujących leków: cefoksytyny, erytromycyny, ciprofloksacyny, gentamycyny, tetracykliny, ryfampicyny, kwasu fusydowego i mupirocyny. Dodatkowe wrażliwości na środki przeciwdrobnoustrojowe na klindamycynę, kanamycynę, tobramycynę, trimetoprim i linezolid zostały określone za pomocą zautomatyzowanego systemu (patrz Dodatek dodatkowy, dostępny wraz z pełnym tekstem tego artykułu). Sekwencjonowanie i analiza DNA
DNA wyekstrahowane z każdego izolatu MRSA (50-ng próbek) przygotowano do sekwencjonowania za pomocą zestawu (Nextera DNA Sample Prep Kit, Epicentre). Próbki połączono, a następnie poddano sekwencjonowaniu (Illumina MiSeq) w celu sekwencjonowania w parze 150-bp. Dane sekwencji następnie dopasowano do izolatu odniesienia (HO 5096 0412) w celu identyfikacji polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP), jak również regionów z insercjami lub delecjami (indelami). Ten izolowany referencyjny jest zdefiniowany za pomocą typowania sekwencyjnego multilocus, jako sekwencja typu 22, najbardziej powszechny klon MRSA związany ze szpitalem w Wielkiej Brytanii. Do analizy filogenetycznej wykorzystaliśmy SNP w genomie rdzeniowym, w ten sposób wykluczając zmienność genomu akcesoryjnego, która mogła powstać w wyniku poziomego transferu genów z niespokrewnionych linii (patrz Dodatek dodatkowy).
Przygotowanie próbek i sekwencjonowanie DNA zostały wykonane przez Illumina przed komercyjnym udostępnieniem systemu MiSeq, a cały zestaw danych dla każdej próbki został dostarczony do analizy.
Wyniki
Opis epidemii
Szpitale Cambridge University National Health Service (NHS) Foundation Trust ma 1170 łóżek i 340 000 zajmowanych łóżek dziennie. Szpital Rosie, matka i dziecięcy szpital Trustu, zawiera 17-koniugowy NICU i sąsiadującą 10-konną jednostkę opieki nad dzieckiem (SCBU). Wszystkie niemowlęta przyjmowane na te jednostki są badane pod kątem przewozu MRSA przy przyjęciu, a następnie co tydzień.
Ryc. 1. Ryc. 1. Oś czasu epidemii noworodkowego oddziału intensywnej opieki medycznej (NICU) i opornych na metycylinę bakterii glifowych Staphylococcus aureus (MRSA) na innych oddziałach. Pacjent indeksowy (Pacjent 1) i 11 innych niemowląt (Pacjenci od 2 do 12) uczestniczyli w wybuchu MRSA, który charakteryzował się odrębnym antybiogramem (oporność na cefoksytynę, erytromycynę, cyprofloksacynę, gentamycynę i mupirocynę). Pacjent 13 został skolonizowany izolatem o różnym antybiogramie (oporność tylko na cefoksytynę, erytromycynę i cyprofloksacynę), a Pacjenci 14 i 15 byli w NICU przed wybuchem; żadna z tych trzech nie została uznana za część epidemii. Pięć innych pacjentów (pacjenci od 16 do 20) z bakteremią, które rozwinęły się w czasie wybuchu choroby, są pokazane, oprócz kluczowych wydarzeń w tym okresie. Przedstawiono przypadki bakteriemii MRSA (B) i wózka MRSA (C) wraz z liczbą dotkniętych pacjentów (np. Wózek MRSA pacjenta 14 oznaczono jako 14C ).
Niemowlę (Pacjent 1, przypadek indeksu), który został przeniesiony z okręgowego szpitala ogólnego do NICU w celu uzyskania specjalistycznej opieki w 2009 r., Zostało skolonizowane przez MRSA w chwili przyjęcia (ryc. 1). Każdy badany izolat identyfikowany jest z numerem pacjenta, od którego został wyizolowany, a następnie B, jeśli pacjent miał bakteriemię lub C, jeśli pacjent miał przewóz MRSA. Antybiogram izolatu MRSA ujawnił różnice w stosunku do przeważającego klonu MRSA w naszym szpitalu i na terenie Zjednoczonego Królestwa 11 (epidemiczny klon MRSA EMRSA-15, sekwencja typu 22, zazwyczaj oporny na cefoksytynę, erytromycynę i cyprofloksacynę14): izolat od Pacjenta był także odporny na gentamycynę i mupirocynę. Zainicjowano środki kontroli infekcji i podjęto protokół dekolonizacji, ale nie udało się zlikwidować kolonizacji MRSA. Pacjent 2 został przyjęty tydzień po Pacjentce 1, z wynikiem ujemnym na skrining MRSA, ale kolonizacja MRSA została wykryta podczas powtórnego badania 37 dni później. Ten izolat od Pacjenta 2 miał ten sam nietypowy antybiogram co izolat od Pacjenta 1, co sugeruje zdarzenie transmisji.
Bakteriemia MRSA rozwinęła się u Pacjenta w 77 dni po przyjęciu (izolat wirusa 1B). Spowodowało to przeprowadzenie dochodzenia przez zespół ds. Kontroli zakażeń i program ukierunkowanych środków, w tym nacisk na mycie rąk i stosowanie osobistego wyposażenia ochronnego (rękawice i fartuchy) wraz z toczącym się audytem zgodności; ograniczony ruch personelu, niemowląt i sprzętu w ramach jednostki; i program głębokiego czyszczenia. Rodzice zostali poinformowani i poproszeni o zastosowanie się do procedur kontroli zakażeń. Wszystkie niemowlęta z NICU i SCBU były badane pod kątem transportu MRSA, podobnie jak 181 pracowników mających kontakt z niemowlętami
[podobne: neurolog Wrocław, kardiolog, Gliwice stomatolog ]
[przypisy: olx chrzanów, terapia antyretrowirusowa, wypełnianie zmarszczek kraków ]